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Materials Studio2023新版本上线!

  • 分类:产品新闻
  • 作者:北京泰科
  • 来源:
  • 发布时间:2023-02-07 14:51
  • 访问量:

【概要描述】Materials Studio2023修复了以往版本中的缺陷,增强了老版本的多种功能。特别新增了分子力场种类和DPD方法中静电相互作用计算功能。

Materials Studio2023新版本上线!

【概要描述】Materials Studio2023修复了以往版本中的缺陷,增强了老版本的多种功能。特别新增了分子力场种类和DPD方法中静电相互作用计算功能。

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  • 作者:北京泰科
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  • 发布时间:2023-02-07 14:51
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新功能:

(1) 在DPD计算中包括静电相互作用

(2) 使用Martini 3参数自动赋值

(3)将DFTB+应用于一些过渡金属氧化物

(4) 在GULP中使用新型通用力场GFN-FF

 

增强功能:

(1) MESOCITE DPD使用高斯分布赋予珠的电荷,支持静电相互作用能计算。

(2) MESOCITE和FORSITE分析功能支持从密度场计算结构因子。

(3) CASTEP可对自旋极化(磁)系统的振动特性进行线性响应计算。

(4) MESOCITE和FORSITE分析支持各向异性压力分析。

(5) 脚本可以识别分子和片段的SMILES和化学名称。使用脚本来分析模拟单元的内容或轨迹过程中不同试剂的变化。

(6) 用于处理Protocols的控件现在位于Pipeline Pilot protocols对话框的顶部,以便您可以更轻松地管理对话框的大小和位置。

(7)CASTEP DFT+U不再需要非磁性系统的自旋极化设置,这样的计算速度至少快两倍。

(8) COSMO隐式溶剂化模型现在在DFTB+中可用。

(9) Martini 3工具得到了增强,并包含了一个新的MS Martini 3粗粒度函数,该函数从原子模型中生成介观结构模型,包括基于研究表单的珠映射和力场类型分配。此功能允许您使用自定义的MS Martini 3力场生成介观结构模型,包括价项。

(10) DMol3文档中解释了内嵌晶体轨道哈密顿布局数(Crystal Orbital Hamitonian Populations,COHP)的含义。

(11) GULP“计算钻石的属性”教程反映了应用程序的当前状态。

(12)“Pipeline Pilot协议”对话框报告了Pipeline Pilot服务器上安装的Materials Studio Collection的版本。

(13) DFTB+服务器更新到22.1。因此,使用DFTB+的调试(客户端)脚本不再可能。

(14) FORCITE GPU计算支持嵌入式Atom模型。

(15) 对FORCITE动态GPU算法的更新,提供了显著的性能增强。

(16) 可以从菜单栏中的“工具”>“Materials Studio脚本”访问一系列准备好的脚本工具。这些脚本以前作为示例提供,手动添加到用户菜单。

(17) 可以将GULP中两体相互作用多项式势项,拟合到八阶。

(18) 通过“Pipeline Pilot Protocols”对话框访问一组量子化学协议,包括TURBOMOLE工作流。

(19) CASTEP提供了隐式溶剂模型下的力计算。这允许您执行几何优化、分子动力学和考虑溶剂影响的其他任务。

(20) 新型通用力场GFN-FF的周期性版本在GULP中实现。这是一种完全自动化的极化力场,具有近乎量子力学精度,如J. Gale et al., J. Chem. Theory Comput. 17(2021)7827–7849描述。

(21) 可以将运行在Materials Studio客户端计算机上的本地网关配置为不使用Apache,同时为本地用户保留完整的网关功能。

(22) Materials Studio工具栏中CCDC模块的图标现在具有更现代的外观。

(23) 可以从Materials Studio菜单栏中的_Tools>Materials Studio scripts_访问一组准备好的MS Martini 3脚本。

(24) Materials Studio文档现在有一个新的教程,演示了使用Martini 3工具的聚合物粗粒化从全原子模型开始构建介观结构,并使用珠映射模板生成自定义MS Martini 3力场。本教程还介绍了如何创建自定义珠映射模板,并使用Mesocite模块使用使用协议生成的介观结构和自定义MS Martini 3力场运行动力学模拟。

(25) 新的CERIA和TiO2纳米参数集为DFTB+中的一些附加金属氧化物提供了支持。

(26) ONETEP中的混合交换相关函数扩展到3D周期系统,而不仅仅是“盒子中的分子”几何结构描述。

(27) ONETEP服务器升级到6.1.12版本。

(28) GULP服务器更新到6.1版。

(29) 新的教程演示了使用粗粒度方法和生成自定义Martini3力场协议从全原子模型开始构建介观结构过程,并使用珠映射模板生成自定义MS Martini 3力场。本教程还介绍了如何创建自定义珠映射模板,并使用Mesocite模块使用协议生成的介观结构和自定义MS Martini 3力场运行动力学模拟过程。

(30) FlexTS路径轨迹现在以正确的顺序提供。FlexTS中的NEB路径阈值现在确保了复杂反应路径的更稳定收敛。DMol3和DFTB+的“计算分子开关的最小能量路径”教程中的工作流程已经改进。

(31) COMPASSII水模型提供了更准确的扩散系数预测。

(32) 可以在NVIDIA GPU上运行介观耗散粒子动力学(DPD)计算。

 

修复的缺陷:

(1) 当尝试连接到无响应的Pipeline Pilot服务器时,Materials Studio不再冻结。

(2) Forcite的径向分布函数分析支持超过65000个原子的系统。

(3) 改进了使用非局部混合泛函的CASTEP应力评估功能。可以使用任何非局部或混合交换-相关函数计算应力并执行需要应力张量的任务(细胞优化、可变细胞分子动力学、弹性常数计算)。当将非局域交换相关泛函应用于绝缘体或半导体时,CASTEP不再使用能量的恒定位移(Hartree-Fock散度校正)。这种发散修正只影响Hartree-Fock计算,其中一个带穿过费米能级并在电势中产生奇点。由于这一变化,使用固定电子占用计算的总能量与以前版本的Materials Studio不同。新的结果更加物理化,产生的总能量与应力张量一致。

(4) 不再支持Windows上的PBS Pro排队系统。

(5) 立方体系应力张量的CASTEP DFT+U计算不再返回不一致的值。

(6) CreateSet函数不再允许您创建具有相同名称的多个集合。

(7) 如果未找到特定空间组的结构,Polymorph预测计算将不再以无用的错误消息结束。

(8) 可以调整线性插值生成声子q点网格,使其与CASTEP声子计算中的电子k点网格相称。

(9) 在Forcite中使用GPU计算Morse色散相互作用不再给出错误的结果。

(10) FlexTS生成的轨迹可以自动监测键合情况,以显示反应。

(11) 部署在Materials Studio Gateway中的Apache版本已更新为2.4.54,适用于Windows和Linux操作系统。

(12) Forcite允许对1-4对缺失扭转项进行1-4范德华标定。如果为扭转项指定“忽略”,则Forcite始终完全标定1-4范德华相互作用,而不依赖于范德华1-4标定的选择。

(13) 当力场类型的序列是对称时,某些力场函数形式在逻辑上要求某些参数相等。例如,当i和k原子具有相同类型时,拉伸-弯曲-拉伸相互作用的两个常数必须相同。forcefield MaterialsScript API通过报告非法参数值组合的错误来强制执行这些约束。

(14) 并行运行的长DFTB+分子动力学模拟在大量步骤后不再失败。

(15) Amorphous Cell Packing可以正确检查原点发生变化的结构中的环刺。

(16) 将文档导出到早期版本时,支持的早期版本列表已设置为Materials Studio 2020和更高版本。

(17) 当尝试选择具有长名称的力场时,Mesocite对话框中的力场浏览器不再报告错误。

(18) 当从结构文档填充原子选项卡,然后在结构文档关闭后关闭对话框时,反射粉末细化对话框不再报告场景中的错误。

(19) 当从结构文档填充原子选项卡,然后在结构文档关闭后关闭对话框时,反射粉末细化对话框不再报告场景中的错误。

(20) FORCITE中的内聚能量密度计算任务可以正确处理负CED贡献。

(21) CASTEP NMR结果文件现在已为大型系统(超过100个原子)正确格式化。

(22) COMPASSII中氢氧根阴离子的电荷已经修正。

(23) 改进了生成临时文件夹名称的机制,以避免在运行CASTEP和QMERA作业时发生运行时冲突。

(24) Materials Studio现在可以正确设置DFT CASTEP计算的MBD*方法。

(25) 使用默认参数对Morse势进行的长程校正现在返回0。

(26) 导入带有很长注释行的xyz文件时的Materials Studio错误已更正。

(27) Materials Studio现在使用更强壮的文件系统库进行作业管理。

(28) Materials Studio阻止使用非共线自旋排列开始DFT+U CASTEP计算的尝试。

(29) 在安全网关上使用ReactiveFinder。

(30) 修复一个bug,可以在同一次运行中进行拉曼分析后,分析结构演变以进行几何优化。

(31) 通过指定UseGPU脚本属性,从命令行(即使用RunMatScript.sh)在GPU上使用Forcite和Mesocite运行脚本。

(32) FORCITE分析的MaterialsScript API散射函数的帮助主题不再表明散射波长属性仅适用于中子辐射。

(33) 可以在“珠类型”对话框中输入较大的珠质量。

(34) 可视化工具文档中的示例TBL文件已修改为符合Materials Studio支持的格式。

(35) 生成MS Martini 3 Forcefield和Bead Topology教程过程现在使用新引入的Materials Studio脚本菜单中的工具。

(36) Materials Studio联机帮助中远程网关网页的参考图像现已更新。

(37) 生成MS Martini 3 Forcefield和Bead Topology教程反映了Martini 3 Tools的最新改进,并展示了如何使用Materials Studio脚本菜单中提供的准备好的脚本。

(38) 利用布里渊区的非Gamma k点采样进行的CASTEP TD-DFT计算现已成功完成。

(39) 使用多个未优化结构和声子频率作为可观测值的GULP力场拟合已经成功完成。

(40) COMPASSIII可以预测所有共振形式的呋氧嘧啶的平面几何结构。

(41) o1-_type的一些默认键拉伸交互作用已添加到COMPASSIII中。

(42) FORCITE势能成分分析现在可以用于基于xyz文件格式的轨迹文档(xtd)。

(43) Pipeline Pilot协议作业的“作业完成”对话框现在显示在Materials Studio Visualizer窗口的顶部。

(44) QSAR模型编辑器对话框现在根据允许的范围正确检查输入。

(45) Adsorption Locator文档清楚地描述了用于计算基质-吸附物构型能量的系统状态。

(46) 在调试模式下运行某些特定脚本时,Forcite和Mesocite分析对话框偶尔遇到的错误已得到解决。

(47) 修正了六氟化硫和硫甲醛中的COMPASSIII相互作用。

(48) COMPASSIII中全氟烷的扭转相互作用已经更新。

(49) 脚本API F1帮助查找现在包含指向StudyTable类文档的直接链接。

(50)“创建DPD力场”对话框现在生成的力场类型名称为6个字符,而不是5个字符。

(51) 带电片段之间的静电力和范德华力的计算不再受到不连续性的影响。

(52) Forcite不再计算某些连续周期结构的不正确能量和力,这些结构具有标度为1-4的非键相互作用。

(53) Materials Studio安装程序现在启动之前安装一些附加库,这样可以防止在安装过程中发生错误。

(54) Forcefield Viewer的“类型”选项卡上的帮助主题现在包含一个指向描述如何创建和编辑类型的任务的链接。

(55) Berry phase极化的CASTEP计算结果输出现在对计算值的输出范围使用正确的标签。

(56) 对于法语区域设置,MesoDyn计算对话框上的交互值现在格式正确。

(57) Forcite和Mesocite中的径向分布函数分析现在将模块名称包含在为结构因子生成的图表和研究表文档中。

(58)“构建Mesostructure”对话框现在可以正确处理使用与可用大小写不匹配的填充名称。

(59) 空间群221的长名称先前错误地显示为“PM-3M”,现在显示正确的名称“P4/M-32/M”。请注意,CrystalBuilder脚本API也接受了不正确的格式,因此可能需要更改脚本以使用短格式或正确的长格式。

(60) MaterialsScript文档包含有关倒空间向量的信息。

(61)“力场首选项”对话框中,使用5个有效数字指定范德华和静电1-4缩放因子时,这些因子现在将正确显示。

(62) 在“计算分子开关的最小能量路径”DFTB+和DMol3教程中提供了一个示例结构。

(63) 教程“计算分子开关的最小能量路径”的说明已经改进。

(64) DFTB+参数对话框中网格分辨率下拉列表的刷新现在是正确的。

(65) 反应路径显示protocol帮助,包括如何指定能量偏移以定制输出的说明。

(66) Materials Studio在线帮助现在包含有关如何将3D模型文档的全部内容用作MaterialsScript集合的信息。

 

已知缺陷:

(1) 在某些情况下,大分子或大基组的DMol3 TD-DFT计算可能导致整数溢出。解决方法:使用较小的基组或在单个核心上运行。

(2) 具有高激发密度的大系统的光学性质的CASTEP TD-DFT计算可能产生非物理介电函数和相关的光学性质。

(3) ONETEP生成的局部态密度图表,目前抵消掉带隙的一半。

(4) 从Materials Studio 2021或2022导入*xms文件时报告了一个问题,某些对话框的设置未保留。

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