BIOVIA Pipeline Pilot

Materials Studio

Chemistry化学

● Chemistry模块提供了多种对化合物的筛选和学习方法，实现化合物的性质计算、分析和处理等功能。可以快速枚举和分析组合化学的反应产物，识别一系列化合物中的公共子结构。该模块支持绝大多数的工业标准化学格式，并可实现各种格式之间的转化。

● ADMET模块能够计算化合物在生物体内的吸收、分布、代谢、排泄和毒性特征，包含的模型有：人体肠内吸收预测模型、水溶性预测模型、血脑障碍渗透性预测模型、血浆蛋白结合率预测模型、细胞色素P450 2D6抑制率预测模型和肝毒性预测模型，此外，还能够预测已知药物的代谢产物。

Materials Studio

Biology生物

● Gene Expression模块在开源软件BioConductor的基础上，实现了基因表达实验的数据处埋、可视化、分析、标记和报告生成等系列功能。

● Sequence Analysis模块通过

180多种的序列分析组件提供了整套的生物信息学工具，将模块化工具与图形化的设计方式结合，实现对蛋白质和核酸的序列的注释和特征分析，序列搜索和比对，产生引物和扩增子，siRNA设计，发现限制性酶切位点等功能。

● Mass Spec for Proteomics模块提供了—系列对基于生物质谱的蛋白组数据处理工具，可以对来自质谱实验的数据进行读入、输出、显示、处理、分析、比较和发布。

● Next Generation

Sequencing(NGS)模块让用户能够分析和解析目前大多数高通量测序仪产生的大量数据集。

Materials Studio

Imaging图像处理

● 图像处理模块大大改变了企业处理图像信息的方式，它不仅应用范围广泛，且简单易用。它能够对图像进行全面、 准确的分析，且能够与其他相关数据关联起来，从而为研究人员和决策者提供更及时准确的决策依据。 该模块提供了图像数据的增强、处理、分析、数—据整合、数据管理、检索和报告输出的全面的综合科学图像分析工具，能够将图像数据与数值、文本、化学及其他科学数据整合在一个统一的工作平台进行分析。

Materials Studio

Laboratory实验室数据分析

● Plate Data Analytics模块提供了对孔板数据的读、写、报告、可视化、操作和计算等功能，数据处理流程中的每条数据记录都能够对孔板上的单孔数据或整版数据进行处理。

● Analytical Instrumentation模块提供对实验室中分析谱图数据的获取和处理。使用该模块，可以对分析谱图数据自动处理、产生报告，并且与其他部门共享。

● Mobile移动应用模块使

Pipeline Pilot具备了通过移动终端即时访问数据和信息的能力通过ScienceCloud Task App ,终端用户可以通过iPhone或者ipad以简单易懂的方式来调用功能强大的Pipeline Pilot protocols。

Materials Studio

Life Science Modeling & Simulation

生命科学建模和模拟

● Catalyst Collection提供了整套药效团建模和3D分子数据库筛选工具。

Pipeline Pilot整合了著名的药效团软件

Catalyst,从而简化了药效团的建模和分析过程。

● CHARMm Collection模块整合著名的分子动力学引擎CHARMm，可以用来模拟生物分子，能为蛋白质、核酸、小分子和蛋白质配体复合物进行稳定而又准确的分子动力学模拟。

Materials Studio

Materials Modeling & Simulation

材料模拟

● Pipeline Pilot中的Materials Studio (MSC)模块，集成并支持Materials

Studio (MS)中主要的建模和模拟工具，可以为材料研究的预测分析和自动化工作流程提供完整的软件解决方案。与传统的材料模拟不同的是，通过Pipeline Pilot，复杂的工作流程能够被轻松迅速的开发、记录和共享。

● 高分子性质(Synthia)模块提供了一系列方法，可以基于重复单元信息、分子量和温度，对无定型聚合物和随机共聚物的性质进行快速预测。

Materials Studio

Reporting & Visualization

报告和可视化

● Reporting模块为数据分析和挖掘工作定制总结报告。报告中可灵活使用表格、图表、图像和文字等各种元素，并通过对报告布局和报告内容的调整，能更清晰地解释和阐述所获得的结果。通过在张报告内展示多种不同的表格、图表和图像，可以在不同视角上观察同份数据，或将不同来源的数据用不同的方式展示，从而方便对它们进行对比和分析。

Materials Studio

Database & Application Int egration

数据库和应用程序整合

● Integration模块提供了强大的集成功能，能够把现有的内部或第三方程序以及数据库无缝集成到Pipeline Pilot中，从而能充分利用现有的计算资源。被整合入

Pipeline Pilot的应用工具可以像系统原有的模块组件一样被方便的使用。本模块支持对Java、Perl、.Net、VBScript等的脚本和程序进行直接整合，也支持通过

JDBC、ODBC整合Oracle、SQLServer等数据库，实现数据的获取、分析处理和生成报告，并能将结果直接存入数据库。

Materials Studio

Analysis & Statistics

分析与统计

● Data Modeling模块提供了—整套统计分析工具，包括机器学习和数据建模，统计模型的预测和数据的筛选，以及适用于大数据集的聚类分析工具。利用该模块的组件，用户可以很容易地对数据进行聚类分析、构建贝叶斯模型、递归分割模型、主成份分析和偏最小二乘回归等分析。结合 Chemistry模块还能够基于化学结构进行建模和聚类分析，构建出各种结构－活性关系模型的、进行化合物分类以及自动寻找化合物的最大公共子结构等。

● PipelinePilot的R统计模块将R的 些数据统计和分析方法无缝整合到Pipeline

Pilot中，用户无需编写R脚本语言，仅需通过调用相关组件，就能够进行基于R语言的数据分析和图表生成。

Materials Studio

Document Search & Analysis

文档挖掘和分析

● Text Analytics模块提供了很强的文献检索和文本数据挖掘的功能，将文献检索、特征数据提取和表征等步骤整合为一个自动化的流程，可以实现最具挑战性的文本数据挖掘过程。

(Chemical Text Mining)

● ChemMining模块使PipelinePilot具备 “化学智能” 的文本数据分析功能，它能够自动识别出文献中的化学词汇如化学名、药名、IUPAC名、CAS号、分子式等，并能够将化学名自动转换为化合物结构。

● 通过Thomson Reuters Cortellis模块，可以让您使用Pipeline Pilot 流程，以更高效简单的方式来访问Cortellis数据库所提供的海量的、广泛的生命科学数据，并能够将内部数据与之无缝整合。